San Martín rechazó retirarse y decidió sitiar Lima. Esto provocó que La Serna y sus tropas huyeran rumbo al Cusco. San Martín ingresó a Lima y proclamó la Independencia del Perú el 28 de julio de 1821.
Don José de San Martín gobernó Perú con el título de Protector hasta el 20 de setiembre de 1822. En esta fecha se retiró sin haber expulsado al ejército realista de la sierra sur del Perú.